Фамилия Гунтупова — женская форма, а мужская, Гунтупов, встречается редко и звучит непривычно для русского уха. Причина в основе: перед нами не славянский корень, а скорее всего тюркский или монгольский, что сразу сужает круг поисков. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий (чей? — Гунтупов), но само прозвище Гунтуп пришло из иной языковой среды.

Разбираем слово по частям. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть основа «гун» или «кюн» — день, солнце, а также «туп» — корень, основа, суть. Вместе «гунтуп» можно перевести как «солнечный корень» или «основа дня». Однако более вероятна версия, что это искажённое «контуп» или «кунтуп», где «кун» — раб, невольник (в древнетюркском), а «туп» — тот же корень. Тогда прозвище означало бы «рабский корень» или «сын раба» — не оскорбление, а указание на происхождение от зависимого человека, что в кочевых обществах было обычной характеристикой рода.

Вторая версия отсылает к бурятскому или калмыцкому языку. Там «гун» — глубокий, а «туба» или «тув» — пуповина, род. «Гунтуб» — «глубокий род», то есть человек из старинного, уважаемого рода. При переходе в русскую речь «б» оглушилось в «п», и получился Гунтуп. Такая фамилия могла появиться у бурятских казаков или крещёных калмыков, которые в XVII–XVIII веках вливались в состав сибирского и оренбургского казачества.

География фамилии сегодня подтверждает эту догадку. Гунтуповы и Гунтуповы встречаются в Забайкалье, Бурятии, Иркутской области — то есть в зоне расселения бурят и контакта с монгольскими народами. Единичные носители есть в Татарстане, но там основа могла осмысливаться иначе, как вариант татарской фамилии Кунтупов (от «кун» — день). В любом случае, это не русская дворянская фамилия и не крестьянская из центральных губерний — она пришла с востока вместе с людьми, которые принимали православие и получали фамилию по отцовскому прозвищу.