Фамилия Гупаисов, скорее всего, представляет собой фонетический вариант фамилии Гапаисов. В основе обеих лежит еврейское мужское имя Паи, которое переводится как «судящий по правде». К имени добавили компоненты, типичные для еврейских фамилий: приставку Га- (артикль, указывающий на принадлежность к роду) и суффикс -ис. Таким образом, Гапаисов буквально означает «из рода Паи». Звук «а» в начале мог перейти в «у» под влиянием местных говоров или при записи фамилии чиновником — такие замены встречаются нередко.

Модель образования фамилии необычна для русской среды. В ашкеназских фамилиях чаще встречаются форманты -сон, -зон, -ман, -кинд, а у горских евреев Кавказа — грузинский суффикс -швили. Здесь же мы видим комбинацию приставки Га- и суффикса -ис, что характерно для евреев, живших среди народов, говоривших на иранских или тюркских языках, например, в Средней Азии или на Кавказе. Суффикс -ов на конце — уже чисто русское оформление, которое фамилия получила при адаптации в документах Российской империи. Это типичный случай: нееврейский суффикс присоединили к уже готовой основе, чтобы фамилия вписалась в местную паспортную систему.

Однозначных сведений о географии фамилии Гупаисов мало, но, судя по строению, её носители происходят из регионов, где еврейские общины долго сохраняли собственные модели имяобразования, а затем попали под русское делопроизводство.