Фамилия Гупса — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Скорее всего, она имеет немецкие или еврейские корни. Если отталкиваться от антропонимики немецкого языка, то в основе фамилии лежит краткая форма имени Губерт (Hubert). Оно составное: первая часть восходит к древненемецкому hug — «душа», вторая — к berht — «светлый». В сумме имя Губерт означает «светлая душа». В католической традиции почитается святой Губерт — епископ Льежский, покровитель нескольких городов (Льеж, Сен-Юбер в Бельгии и Гродно в Беларуси), а также охотников, лучников, сталеваров и математиков. Фамилия Гупса могла закрепиться за потомками человека, носившего это имя или прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия отталкивается от немецкого слова Hops — «прыжок, скачок». В таком случае прозвище могли дать человеку подвижному, резкому в движениях или, возможно, танцору. Суффикс -а в русской передаче характерен для адаптации иноязычных фамилий: он мог возникнуть при закреплении фамилии в славянской среде (по аналогии с фамилиями на -а у украинцев, белорусов или евреев).

Географически фамилия встречается редко, в основном в западных регионах бывшей Российской империи, что косвенно подтверждает немецкое или еврейское происхождение через миграционные потоки. Никакой связи с русскими фамилиями на -ов/-ин здесь нет: модель образования нетипична для восточнославянской патронимии.