Фамилия Гургенян — типичный пример армянской родовой модели, где суффикс -ян (в старой орфографии -янц) указывает на принадлежность к клану. Первоначальное значение фамилии — «из рода Гургена», то есть потомок человека по имени Гурген.

Основа фамилии — древнее армянское мужское имя Гурген. В переводе с армянского оно означает «священное знание от духовного учителя». Родители, нарекая сына таким именем, желали ему стать духовно развитым и просвещённым человеком. Имя известно с раннего Средневековья: так звали одного из правителей Грузии из династии Багратионов (Гурген I, жил во времена императора Юстиниана). Некоторые исследователи даже связывают с этим именем топоним «Грузия» — через греческую передачу имени «Гурген» как «Георгий» (отсюда же и название страны в ряде языков). Впрочем, эта версия остаётся спорной.

Словообразовательная модель фамилии проста: корень Гурген- плюс клановый суффикс -ян. В армянской традиции такие фамилии не склоняются и не меняются по родам. Стоит добавить, что написание Гургенян — русифицированный вариант; в оригинале, по правилам армянской орфографии, фамилия может выглядеть как Գուրգենյան.