Фамилия Гусуйнов — редкая и неочевидная с точки зрения корней. Она звучит на тюркский или кавказский лад, но при этом несёт характерный русский патронимический суффикс -ов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Гусуйн».

Самая вероятная версия — искажённое или диалектное написание мусульманского имени Хусейн (араб. «маленький красивый», «хороший»). В тюркских языках, особенно в азербайджанском и кумыкском, начальный «х» часто выпадает или заменяется на «г»: Хусейн → Гусейн. Отсюда и фамилия Гусейнов — одна из самых распространённых у азербайджанцев и народов Дагестана. Форма Гусуйнов могла возникнуть из-за особенностей произношения: в некоторых говорах «е» переходит в «у» (явление, известное как «уканне»), или под влиянием письменной фиксации фамилии в русских документах, где чиновник записал имя на слух как «Гусуйн». Поэтому Гусуйнов — это, скорее всего, фонетический вариант фамилии Гусейнов.

Вторая, менее вероятная версия, — связь с тюркским словом «гус» (птица) или «гусу» (лебедь). Но в таком случае ожидалась бы форма Гусов или Гусев, а суффикс -уйн для прозвищ нехарактерен. Поэтому арабское имя через тюркское посредство остаётся основным объяснением.

Географически фамилия привязана к регионам, где сильно влияние тюркских языков и ислама: Азербайджан, Дагестан, Чечня, а также южные области России (Ставрополье, Астраханская область). Встречается она редко — единичные случаи в метрических книгах XIX века и современных базах.

С точки зрения словообразования: Гусуйнов — это притяжательная форма: «чей?» — Гусуйнов, то есть сын Гусуйна. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, которую в XIX веке массово давали нерусским народам при переписях и записи в рекруты. Таким образом, предок носителя фамилии — человек по имени Гусуйн (он же Гусейн), а сама фамилия — свидетельство межкультурного контакта, где арабское имя попало в русский документ через тюркскую речь.