Фамилия Гусейнов — одна из самых распространённых на Кавказе и в Закавказье, но её корни ведут вглубь исламской истории. В основе фамилии лежит имя Гусейн — азербайджанская и тюркская форма арабского имени Хусейн. В переводе с арабского оно означает «хороший», «добрый», «красивый». Однако для мусульманского мира это имя имеет особый сакральный смысл: Хусейн — внук пророка Мухаммеда, сын Али и Фатимы, один из самых почитаемых мучеников ислама. Имя, таким образом, несёт не только оценочную характеристику, но и глубокую религиозную память.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского языка: к основе «Гусейн» добавили патронимический суффикс «-ов». Это значит, что фамилия буквально отвечает на вопрос «чей?» — потомок Гусейна. Такая модель массово закреплялась за нерусскими народами Российской империи в XIX–XX веках, когда при переписях и паспортизации азербайджанцам, лезгинам, татарам и другим мусульманским народам давали фамилии по отцу с русским окончанием.

По документам фамилия встречается в разных сословиях и местах. В Книге памяти Хабаровского края записан директор кирпичного завода Гусейнов Азис Аминович, родившийся в 1881 году в Биробиджане. В Самарской области упоминается Гусейнов Абиль Ахмед-оглы (р. 1908) из Куйбышева. А в Алтайском крае — кустарь-лудильщик частной мастерской Гусейнов Александр Сергеевич (р. 1866) из Барнаула. Этот разброс показывает, что носители фамилии расселились далеко за пределы традиционного ареала, занимаясь самыми разными ремёслами — от руководства заводами до мелкого кустарного производства.

Самый известный носитель фамилии в литературе — Чингиз Гусейнов, азербайджанский писатель. Он автор сборника рассказов и повестей «Угловой дом» (1975), романов «Магомед, Мамед, Мамиш...» (1975) и «Семейные тайны». Его творчество, как и сама фамилия, связывает азербайджанскую культуру с русским языком и литературным контекстом.

В русском языке имя Гусейн иногда записывали и как Гусейн, и как Хусейн, отсюда же пошли фамилии Хусейнов и даже Гусейнов с двойным «с». Но основной, наиболее частый вариант — именно Гусейнов.