Фамилия Гусейнаев происходит от имени Гусейнай, которое образовано от имени Гусейн при помощи уменьшительного суффикса -ай. Имя Гусейн представляет собой диалектный вариант арабского имени Хусаин, которое в свою очередь имеет значение «красивый, хороший; один из двух красавцев». Традиционно имя Хусаин давалось одному из мальчиков-близнецов. Таким образом, потомок человека, которого звали Гусейнай, со временем получил фамилию Гусейнаев. Тюркский корень -огло/-оглу/-оглы (в переводе «потомок, сын») типичен для турецких, гагаузских и прочих тюркских фамилий.