Фамилия Гусеинов происходит от личного имени Гусеин — азербайджанского аналога арабского имени Хусейн. В переводе с арабского оно означает «хороший», а в исламской традиции это имя носил второй сын Али, почитаемый как третий халиф шиитов. Таким образом, фамилия Гусеинов буквально значит «потомок Гусеина»: русский суффикс -ов добавили к восточному имени, чтобы образовать отчество или фамилию по отцу.

Эта фамилия — яркий пример того, как русская словообразовательная модель (суффикс -ов/-ев) накладывается на тюркские и арабские корни. В Азербайджане и среди народов Кавказа такие фамилии на -ов стали массово закрепляться в XIX–XX веках, когда имперская администрация требовала единообразного оформления документов. В результате имя Гусеин превратилось в фамилию Гусеинов, а её носители, скорее всего, происходят из семей, где предка звали Гусеином.

Среди известных носителей — азербайджанский писатель Чингиз Гусеинов. Он автор сборника рассказов и повестей «Угловой дом» (1975), романов «Магомед, Мамед, Мамиш...» (1975) и «Семейные тайны». Его творчество хорошо показывает культурный контекст, в котором фамилия Гусеинов не редкость, а скорее типична для азербайджанской интеллигенции.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Гусеинов стоит в одном ряду с Гусейновым — разница лишь в написании через «е» или «э» (Гусейнов). Оба варианта встречаются, но форма с «е» (Гусеинов) чуть менее распространена и может указывать на особенности местного произношения или записи в паспортных столах. В целом, фамилия не редкая, но и не массовая; её география — прежде всего Азербайджан, Дагестан и другие регионы с тюркским населением.