Фамилия Гусеева — женская форма фамилии Гусеев, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Гусь. На Руси до XVII века давать детям «птичьи» имена было обычным делом: Гусь, Лебедь, Сокол, Воробей. Такое имя могло отражать внешность (длинная шея, важная походка) или особенности характера — крикливость, задиристость, а то и хозяйственность, ведь гусь в крестьянском быту — птица ценная.

По словообразовательной модели фамилия Гусеев — типичный пример «патронимической» фамилии на -ев. Суффикс -ев (а не -ов) прибавляется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или ц: Гусь — Гусев, но в некоторых говорах и документах закрепилась форма Гусеев, с двойным «е» на стыке. Это не ошибка, а результат исторического чередования и влияния церковнославянского произношения. Встречаются обе формы: Гусев и Гусеев, причём вторая считается более старой, книжной.

Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят фамилии от названий птиц к древнейшему пласту. Однако у Гусеева есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых регионах «гусём» могли называть человека, который водил слепого — от слова «гусь» в значении «поводырь». Но эта гипотеза спорная и не подтверждённая массовыми записями. Правдоподобнее всего — происхождение от прямого прозвища Гусь.

Географически фамилия Гусеева распространена по всей России, но чаще встречается в центральных и северных областях — там, где в писцовых книгах XVI–XVII веков фиксировались крестьяне и посадские люди с именем Гусь. В дворянских родословных Гусеевы почти не значатся: это фамилия преимущественно крестьянская и мещанская. Исключение — отдельные ветви, получившие дворянство за выслугу, но они редки.

Таким образом, если ваша фамилия Гусеева, ваши предки, скорее всего, получили прозвище по птице или по сходству с ней. Никакого тайного смысла или иностранного корня здесь нет — это чисто русская, бытовая фамилия, каких тысячи, но у каждой своя история, связанная с конкретным человеком, которого когда-то назвали Гусем.