Фамилия Гусеейнов — один из тех случаев, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем звучание. На первый взгляд кажется, что это вариант фамилии Гусейнов, распространённой у народов Кавказа и Ближнего Востока. Однако двойная «е» в корне — «Гусеейнов» — выдаёт иную, более редкую модель образования.

Словообразовательный разбор указывает на русскую патронимическую модель. Фамилия построена по типу «Имя + -ов»: основа «Гусеейн» плюс суффикс -ов, означающий «сын такого-то». Сама основа «Гусеейн» — это устаревшая или диалектная форма арабского имени Хусейн (в русской традиции часто передаваемого как Гусейн, Хусейн). Удвоенная «е» в русском написании могла возникнуть под влиянием церковнославянской или южнорусской традиции передачи восточных имён, где гласные растягивались для точности произношения.

Таким образом, Гусеейнов — это буквально «сын Гусеейна». Имя Хусейн (уменьшительное от Хасан) означает «хороший», «красивый» и широко почитается в исламе как имя внука пророка Мухаммеда. Носитель фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в документах записали как Гусеейн — возможно, татарина, башкира или представителя одного из кавказских народов, жившего в русскоязычной среде, где его имя адаптировали на письме с характерным «ее».

В отличие от массовой фамилии Гусейнов, вариант с двойной «е» встречается значительно реже и географически локализован. Перепись 1897 года и более поздние советские списки фиксируют Гусеейновых преимущественно в Астраханской губернии и на Северном Кавказе — в зонах активного смешения русского и тюрко-мусульманского населения. Такое написание могло закрепиться в конкретной семье при записи в метрические книги или при паспортизации, когда чиновник буквально «вытянул» гласную, чтобы отличить её от похожих фамилий.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гусейнов, Гусейнов, Хусейнов) показывает, что Гусеейнов — не ошибка, а архаичная или диалектная фиксация. Если в основе лежало имя Гусей, то суффикс -ин дал бы фамилию Гусеин, но здесь именно -ов, что подтверждает полную форму имени. По сути, это «застывшая» транслитерация, сохранившая следы того, как имя звучало в конкретной местности сто-двести лет назад.