Фамилия Гуйганова — яркий пример того, как неочевидная на первый взгляд основа может рассказать о географических корнях семьи. В отличие от привычных фамилий на -ов/-ев, образованных от церковных имён (Иванов, Петров), эта фамилия происходит от прозвища или имени, которого нет в святцах.

Ключ к разгадке — корень «Гуйган». Скорее всего, это тюркское имя или прозвище. В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском) слово «гуй» или «куй» имеет значения «пастух», «овца», а также может быть частью составных имён. Суффикс «-ган» в тюркских языках — типичный аффикс, образующий причастия или имена со значением «тот, кто сделал», «сделанный». Таким образом, Гуйган могло означать «пастух» (буквально: «тот, кто пасёт»), «овечий» или быть личным именем, данным по какому-то характерному признаку. Встречается и вариант, что это искажённое арабское имя Хусаин (в народном произношении — Гусейн, Гуйсан), но для фамилии Гуйганов версия с тюркским корнем выглядит убедительнее.

Суффикс «-ов» (в женской форме «-а») присоединился к основе уже на русской почве, когда носители прозвища стали получать фамилии по отцу. То есть Гуйганов — буквально «сын Гуйгана». Такая модель — тюркская основа плюс русский суффикс — характерна для фамилий, возникших в зонах активного русско-тюркского контакта: Поволжье, Приуралье, южные регионы России.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди татарских и башкирских общин в других регионах. Носители фамилии — потомки людей, которых в XV–XVII веках в русских документах записывали по прозвищу Гуйган. Скорее всего, это были служилые татары, крещёные татары или башкиры, переходившие на оседлый образ жизни и получавшие от русских властей фамилии по отцу.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду с такими же редкими тюркскими фамилиями на «-ганов»: Айганов, Куйганов, Сайганов. Все они несут в себе память о языке и быте кочевых предков, для которых имя часто было не просто знаком, а краткой характеристикой человека — его занятия, внешности или места в общине.