Фамилия Гуженов образована от прозвища или нецерковного имени Гужен. В основе лежит слово «гуж» — глухая кожаная петля у хомута, соединяющая оглоблю с дугой. Гуж — деталь конской упряжи, без которой не обходилась ни одна крестьянская поездка. Прозвище Гуж могли дать сильному, коренастому человеку, либо, напротив, тому, кто занимался изготовлением или починкой упряжи — шорнику. В говорах «гужом» называли и верёвку, и канат, так что прозвище могло относиться к канатчику или бурлаку (в бурлацкой артели «гуж» — один из лямщиков, тянущих бечеву).

Суффикс -ен- в фамилии Гуженов — редкий случай. Обычно фамилии на -ов/-ев образуются от полных форм прозвищ: Гуж → Гужов. Но здесь мы видим промежуточную форму Гужен, то есть «сын Гужа» или «маленький Гуж». Такая модель встречается в северных и центральных русских говорах, где уменьшительные имена на -еня, -ена были живы ещё в XVII–XVIII веках. Сравните: Гужен — как Кожемяка → Кожемякин, но с другим суффиксальным ходом. Фамилия Гуженов буквально значит «потомок Гужена».

По сословной принадлежности Гуженовы, скорее всего, крестьяне или посадские люди. В документах XIX века фамилия встречается преимущественно в центральных губерниях — Московской, Тверской, Ярославской, а также в Поволжье, где было развито извозное дело и шорное ремесло. Владельцы фамилии вряд ли принадлежали к дворянству: в родословных книгах Гуженовы не значатся, что подтверждает народное происхождение.

Однокоренные фамилии — Гужов, Гуженков, Гужев, Гужвин. Все они восходят к тому же «гужу», но различаются суффиксами, указывающими на разные диалектные или патронимические варианты. Гуженов — самая редкая из них: по данным открытых списков, в России её носят не более нескольких сотен человек.