Фамилия Гужеев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за столетия. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от имён (Иванов) или профессий (Кузнецов), здесь основа — конкретный предмет крестьянского быта: гуж. Это кожаная или верёвочная петля, которой крепили оглоблю к дуге или хомуту лошади. Гужевой транспорт, гужевая повинность — все эти слова из того же гнезда.

Значение прозвища «Гуж» или «Гужей» могло быть прямым или переносным. Скорее всего, так называли мастера, который делал гужи — шорника или упряжного мастера. В русских говорах слово «гуж» имело и переносный смысл: так могли назвать коренастого, крепкого человека, «сбитого» как гуж. Есть и версия, что прозвище давали тому, кто тянул лямку — выполнял тяжёлую гужевую работу, но она менее убедительна: прозвища чаще давали по ремеслу или внешности.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе на шипящий (Гуж) добавили суффикс -ев, а не -ов. Это типично для фамилий, где основа оканчивалась на -ж, -ч, -ш, -щ: Гужев, Клюжев, Рыжев. Форма Гужеев с двойным «е» — результат позднего закрепления на письме: сначала было Гужов, потом Гужев, а в некоторых семьях укрепился вариант Гужеев, где суффикс как бы удвоился для благозвучия.

Географически фамилия привязана к центральным и южнорусским областям — местам, где было развито гужевое хозяйство. Встречается в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях, реже на севере. Сословно носители почти всегда были крестьянами или мещанами, редко — однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Стоит отличать Гужеева от похожих фамилий: Гужев (та же основа, но с одним суффиксом) и Гужов (с твёрдым окончанием). Встречается и украинский вариант Гужій — там основа та же, но суффикс иной.