Фамилия Гюббе — одна из тех, что не вписывается в привычную русскую словообразовательную модель, и это сразу подсказывает её происхождение. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а основа звучит нетипично для славянского уха. Это немецкая фамилия, пришедшая в Россию вместе с волнами переселенцев, приглашённых на службу или на освоение земель.

Корень фамилии восходит к немецкому слову Hübbe или Hübner. В основе лежит либо сокращённая форма имени Hugo (Гуго, в народной этимологии — «душа, ум»), либо, что более вероятно, прозвище от Hube — «надел земли, крестьянский двор». В таком случае Гюббе — это фамилия-прозвище владельца или арендатора определённого участка, нечто вроде «надельного крестьянина» или «хуторянина». В немецкой ономастике есть фамилия Hübbe, которая часто встречается в северных землях (Нижняя Саксония, Шлезвиг-Гольштейн).

В Россию фамилия Гюббе попала, скорее всего, в XVIII–XIX веках. Немцы приезжали как специалисты: врачи, инженеры, аптекари, военные, а также как колонисты, осваивавшие Поволжье. Фамилия не получила массового распространения, оставаясь редкой и локальной. Написание «Гюббе» — это русская транслитерация немецкого Hübbe (с умлаутом, который передали через «ю»). Встречаются и варианты «Гиббе», «Гюббен», но основная форма закрепилась именно с «ю» и двойной «б».

Интересно, что в русском языке эта фамилия склоняется по правилам заимствованных фамилий на гласную: «Гюббе», «Гюббе», «к Гюббе». Ударение обычно падает на первый слог: Гю́ббе. В дореволюционных метрических книгах можно встретить написание через «ижицу» или «ять», но это скорее исключение, чем правило. Носители фамилии в России — это, как правило, потомки тех самых немецких специалистов или колонистов, и фамилия до сих пор сохраняет свой иноземный, «бюргерский» оттенок, указывая на происхождение из среды городских жителей или зажиточных крестьян-собственников.