Фамилия Ибенеева построена по самой массовой русской модели: основа + суффикс притяжательности -ев. Этот суффикс присоединяют к основам на мягкий согласный или -й, а женская форма на -а указывает на то, что исходное имя или прозвище принадлежало мужчине — Ибенееву. Первоначально так называли жену или дочь, а позже фамилия закрепилась как наследственная.

Корень Ибен- в русской ономастике — редкий и неочевидный. Скорее всего, это русифицированная форма тюркского имени Ибен или Ибэн. В тюркских языках имя могло восходить к словам со значением «род», «племя» (например, в казахском «ібін» — потомок) или к арабскому Ибн («сын»), которое в составе сложных имен давало формы вроде Ибн-Ахмет. На русской почве конечный согласный смягчился, и появилась основа Ибене-, от которой по патронимическому суффиксу образовали фамилию.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: Поволжье, Приуралье, отчасти юг России. Встречаемость крайне низкая — это редкая фамилия, что говорит о небольшом роде, который не разросся в широкую сеть ветвей. Носители могли быть крестьянами или мещанами, принявшими фамилию после отмены крепостного права, когда многие получили патронимы от имени отца или деда.

Сравнение с более известными фамилиями на Иб- (Ибрагимов, Ибатуллин) показывает, что Ибенеева стоит особняком: в ней нет арабского корня «абд» (раб) или «ибн» (сын) в чистом виде, а есть, вероятно, местный диалектный вариант. Если убрать суффикс, останется прозвище Ибень — так могли называть человека по отцу или по характерной черте, но письменных источников для точной реконструкции недостаточно.

В XIX веке фамилия могла писаться иначе — через «а» (Ибанеева) или с двойным «н», но современная орфография закрепилась в советских паспортных столах. Сегодня это один из немногих следов тюркского имени в русском фамильном фонде, сохранившийся в глубинке.