Фамилия Ибнеева — женская форма мужской фамилии Ибнеев, и её происхождение напрямую связано с редким тюркским именем или прозвищем. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от славянских имён, здесь основа явно иноязычная. Вероятнее всего, в её основе лежит тюркское слово «ибни» или «ибне», что означает «сын» (арабское «ибн» в тюркской огласовке). В таком случае Ибней — это не столько имя, сколько указание на родство: «сын такого-то». Подобные прозвища-патронимы были распространены среди татар, башкир и других тюркских народов, особенно в среде служилых людей и торговцев, которые переходили на русскую службу и получали фамилии по отцу.

Формант -ев указывает на принадлежность: Ибнеев значит «сын Ибнея». Если принять версию с арабским корнем, то фамилия Ибнеева может восходить к полному имени с приставкой «ибн», например, Ибн-Ахмет или Ибн-Умар, которое в бытовом общении сократили до Ибней. В русских документах XVI–XVII веков такие имена нередко записывали на слух, искажая окончания, поэтому вариант Ибней вместо Ибн — естественное упрощение.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары и башкиры, входившие в состав Российского государства. Носители фамилии могли быть выходцами из казанских или касимовских татар, а также из служилых людей, которые после присоединения Казанского ханства получали поместья и записывались в дворянские списки. Встречается фамилия и у крещёных татар — в этом случае она сохранила тюркскую основу, но уже не несёт религиозного подтекста.

Спорных версий немного: иногда пытаются связать Ибнеева с диалектным русским словом «ибнуть» (ударить), но это маловероятно — фамилии от глагольных основ в такой форме нехарактерны для русского языка. Кроме того, суффикс -еев типичен для тюркских заимствований (сравните: Ахметеев, Сафеев), а не для славянских прозвищ. Так что тюркское происхождение остаётся основным и наиболее обоснованным.