Фамилия Ибнеев — редкий пример, где основа почти наверняка не славянская, а тюркская или арабо-тюркская, а суффикс — стандартный русский патронимический -ев. Это значит, что предок носителя фамилии носил имя или прозвище Ибней, а его потомков записывали как «сын Ибнея» — Ибнеев.

Корень «ибн» (или «бен») в арабском и многих тюркских языках означает «сын». В арабских именах «ибн» ставится между именем отца и именем сына (например, Ахмад ибн Мухаммад). Но в фамилии Ибнеев мы видим не стандартное арабское имя, а, скорее всего, усечённую или русифицированную форму. Вероятнее всего, исходное имя звучало как Ибней — так в русских документах могли записать татарское или башкирское имя, образованное от «ибн» с добавлением тюркского аффикса принадлежности. Например, имя Ибнулла (сын Аллаха) или Ибнай — в бытовой речи могло сократиться до Ибней.

Есть и другая, менее вероятная, но не исключённая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Ибней, данного русскому человеку за связь с восточными народами или за знание арабского языка. Однако суффикс -ев и отсутствие аналогий среди исконно русских прозвищ делают эту версию слабой.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным татарским и башкирским влиянием — Поволжье, Приуралье, южный Урал. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении: вероятно, один родоначальник, носивший имя Ибней, дал начало небольшой ветви. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках такие фамилии фиксировали у крещёных татар или башкир, переходивших в православие, — тогда арабское «ибн» превращалось в фамилию по русской модели.

Таким образом, Ибнеев — это фамилия-маркер: она указывает на восточные корни предка, который носил имя, связанное с арабской формулой родства, и чьи потомки обрусели, сохранив в фамилии память об этом.