Фамилия Идкин — редкий случай, когда имя предка почти стёрто, а его след остался в суффиксе. Фамилия образована от личного имени Идка, которое, в свою очередь, является краткой формой от нескольких крестильных имён. Чаще всего так в быту называли Идоров (от Исидор, греч. «дар Исиды»), Идрисов (арабское имя, пришедшее через тюркское посредство) или Идеев (от библейского Иуда, но в народной форме Ида). Без документов конкретной семьи точный источник не установить — слишком разные корни дают одну и ту же бытовую форму.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Идкин буквально значит «сын Идки» или «человек из семьи Идки». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин преобладают над -ов. В южных и восточных регионах ту же основу могли бы превратить в Идков, но Идкин закрепился именно в тех местах, где цокали и «акали», — вероятнее всего, в Поволжье или на Русском Севере.

В XIX веке фамилия встречалась в основном среди крестьян и мещан. Прозвище Идка могло закрепиться за человеком со сложным, неудобным для повседневного общения именем — скажем, за Исидором, которого соседи перекрестили в Идку. Никакого особого значения у самого прозвища не было: это просто сокращение, как Ваня от Иван или Саня от Александр.

Среди однокоренных фамилий — Идрисов, Идоров, Идеев, Идин. Идкин стоит особняком: у него нет очевидной тюркской или еврейской окраски, хотя основа Идка могла появиться и в среде крещёных татар, где имя Идрис было распространено. Но суффикс -ин скорее выдает русское происхождение носителя.