Фамилия Иквина — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а балтийская или финно-угорская. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть предка звали Иква или Иква. В русской модели так образовывались фамилии от прозвищ и мирских имён, оканчивающихся на -а: Иква → Иквин → Иквина (женская форма).

Самое правдоподобное объяснение корня — от литовского слова ikva, которое в диалектах означает «вязкий, топкий» или «тина, ил». В таком случае прозвище Иква могли дать человеку, жившему у болотистого берега, или тому, кого считали медлительным, «вязким». В литовской ономастике известны фамилии Ikvas, Ikvaitis, а в польских и белорусских говорах встречается слово ikwa — «влажный мох, топь». Географически фамилия Иквина могла закрепиться на северо-западе России, в бывших литовских или финно-угорских землях (Псковщина, Новгородчина, Тверская область).

Есть и вторая, более слабая версия — от финского ikä (возраст, век) или ikävä (тоска, скука). Но в финских фамилиях суффикс -ин нехарактерен, а форма Ikva не встречается, поэтому балтийский след выглядит убедительнее.

Сословная принадлежность по фамилии не определяется: Иквины могли быть и крестьянами, и мещанами. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не встречается — это говорит о её локальном бытовании и малой численности рода. После 1917 года носители могли рассеяться, но корень остался читаемым: Иква — человек, связанный с топким местом, либо тот, кого прозвали за характер «тиной» или «вязкостью».