Фамилия Ильдутов — одна из тех, что ставят исследователя перед выбором: тюркская основа или арабская, пришедшая через ислам. Скорее всего, перед нами патроним, образованный от личного имени Ильдут. Это имя — сложное, и его разбор даёт ключ к происхождению.

Первый и самый очевидный путь — тюркский. Имя Ильдут могло сложиться из двух корней: «иль» (народ, родина, страна) и «дут» (друг, товарищ, либо глагольная часть со значением «давать»). В таком случае Ильдут означало бы «друг народа» или «данный народом» — имя-пожелание, типичное для тюркской антропонимии. Суффикс -ов в фамилии — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Ильдута».

Вторая версия отводит нас к арабскому имени Ильдус, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому Ильдус (Иль + дус/дус — «друг»). Звуковой переход «с» в «т» на конце имени — явление нередкое в русской или татарской диалектной среде при адаптации: Ильдус мог превратиться в Ильдут под влиянием местного произношения или при записи фамилии в документах. Тогда Ильдутов — это «сын Ильдуса».

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Западной Сибири — местам расселения татар, башкир и других тюркских народов. Встречается она нечасто, что говорит о её относительно локальном бытовании. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний можно найти носителей этой фамилии среди крестьян и мещан, а также в среде служилых татар.

Таким образом, Ильдутов — фамилия с прозрачной тюркской основой, где имя-прозвище, связанное с понятиями «народ» и «друг», было закреплено русским патронимическим суффиксом. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были тюркоязычными мусульманами, жившими в смешанной этнической среде Поволжья или Приуралья.