Фамилия Ильдуков образована от имени или прозвища Ильдук, а тот, скорее всего, от тюркского имени Ильдус. Разберем по частям: основа «Ильду-» и русский патронимический суффикс «-ов», который буквально означает «сын Ильдука» или «потомок Ильдука». Суффикс «-ов» — один из самых распространенных в русских фамилиях, указывает на принадлежность к роду.

Само имя Ильдус (иногда Ильдус, Ильдуз) имеет тюркские корни и переводится как «любящий родину» или «друг родины» (от «иль» — страна, родина, и «дус» — друг). В татарском, башкирском и других тюркских языках это имя встречается до сих пор, хотя и не входит в число самых частых. Фонетически имя могло измениться при попадании в русскую среду: Ильдус превратился в Ильдук (замена «с» на «к» — нередкое явление в заимствованиях, ср. «кумыс» и «кумык»). Возможна и обратная версия: прозвище Ильдук могло возникнуть от другого тюркского слова, например, от «илду» (с ясным, чистым небом) или от «илдук» (в значении «посланник», хотя это менее вероятно).

Географически фамилия Ильдуков тяготеет к регионам с давним тюркским населением — Татарстану, Башкортостану, а также к южным областям России, где смешивались русские и тюркские традиции. Встречается она редко, что говорит о нетиражированной основе: скорее всего, у фамилии был один или несколько локальных очагов возникновения, а не массовое распространение через перепись. В дореволюционных источниках Ильдуковых можно найти среди крестьян и мещан Поволжья, но сословная принадлежность не была единой — фамилия могла появиться и у служилых татар, и у обрусевших крещеных татар.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ильдусов, Ильдуков — показывает разницу в суффиксах: «-ов» и «-ев» (в Ильдусове) — это вариации одного патронимического принципа, но выбор мог зависеть от того, как имя звучало в конкретной местности. Если Ильдус — это исходная форма, то Ильдуков может быть более поздним, русифицированным вариантом, где «с» заменили на «к» для удобства произношения. В любом случае, фамилия Ильдуков — пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую ономастическую модель, сохранило память о предке, которого звали Ильдус или Ильдук.