Фамилия Илгунов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Разбирать её стоит не с имени, а с корня, который звучит непривычно для русского уха. Скорее всего, в основе лежит не славянское, а тюркское или монгольское слово. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркским «илгу» (или «илгүү») — «избранный», «отборный», «лучший». В этом случае прозвище Илгун мог получить человек, выделявшийся особыми качествами, либо так называли старшего или самого уважаемого в роду.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе Илгун добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Илгуна». Это указывает, что фамилия сложилась в русской среде, но носитель исходного прозвища, скорее всего, имел нерусские корни — например, был татарином, башкиром или представителем другого тюркоязычного народа, жившего в смешанных регионах. Суффикс -ов, а не -ин, тоже говорит в пользу этого: фамилии от тюркских основ на согласный часто получали именно -ов.

Географически фамилия Илгунов встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это подтверждает связь с тюркской языковой средой. Другая, менее вероятная версия — происхождение от калмыцкого «илг» («разница», «отличие») или от монгольского имени Илгэн, но в таком случае фамилия была бы распространена в других регионах, чего не наблюдается.

Социальный контекст: в XVIII–XIX веках носители фамилии Илгунов чаще всего были государственными крестьянами или казаками, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. Таким образом, предки современного Илгунова — это, вероятно, выходцы из тюркской среды, принявшие православие и осевшие в русских селах и станицах, а их прозвище, ставшее фамилией, напоминало об избранности или высоком положении в прежней общине.