Фамилия Илисов — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первого взгляда. В ней нет прозрачного корня, сразу указывающего на ремесло или внешность предка. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать не столько основу, сколько суффикс.

Фамилия образована по самой массовой русской модели — с помощью суффикса -ов. Это указывает на то, что в основе лежало личное имя или прозвище Илис. Вопрос в том, что это за имя. Самая вероятная версия — фонетическое изменение крестильного имени Илья. В некоторых русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, «Илья» могло произноситься как «Илей» или «Илис». Сравните: Илья → Илюха (фамилия Илюхин), Илья → Ильич (отчество), и Илья → Илис (прозвищная форма, давшая фамилию Илисов). Таким образом, Илисов буквально означает «сын Илиса», то есть потомок Ильи.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с тюркскими корнями. У башкир и татар встречается имя Илис (или Илеш), которое может означать «мирный», «дружелюбный» или восходить к гидрониму (названию реки). В таком случае фамилия Илисов — результат обрусения тюркского имени: к основе Илис добавили русский патронимический суффикс -ов. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается в Оренбуржье и Башкортостане — регионах с давними русско-тюркскими контактами.

География бытования фамилии подтверждает обе гипотезы. Илисовы фиксируются в Архангельской и Вологодской областях (северная, «Ильинская» версия), а также в Челябинской и Оренбургской областях (тюркское влияние). Встречается она и у староверов — они нередко сохраняли архаичные произносительные варианты церковных имён.

Что касается социального статуса первых носителей, то однозначно сказать нельзя. Фамилия недворянская, суффикс -ов характерен для крестьян и мещан центральной и северной России. Скорее всего, предок Илисовых был простым человеком — крестьянином, ремесленником или служилым казаком на южных рубежах. Единственное, что объединяет все версии, — это необычная, «окающая» огласовка корня, которая выделяет эту фамилию среди более привычных Ильиных и Илюхиных.