Фамилия Илистанов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не черта характера, а географическое название с четкой этнической привязкой. Это фамилия тюркского происхождения, образованная от топонима Илистан (вариант — Илистан) — так называются несколько сел в Дагестане, в частности в Хивском и Сулейман-Стальском районах. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая закрепилась у народов Кавказа после вхождения региона в состав Российской империи.

Первые носители фамилии — выходцы из этих селений, которые получали фамилию по месту жительства или рождения. В русской паспортной системе XIX — начала XX века горцам часто записывали фамилию по аулу, отсюда и форма «Илистанов» вместо традиционной лезгинской или табасаранской родовой модели. Само название Илистан, скорее всего, восходит к тюркскому или иранскому компоненту: «или» может означать «племя», «народ», а «стан» — «страна», «земля». То есть Илистан — «земля племени» или «народная земля».

Любопытно, что фамилия почти не встречается за пределами южного Дагестана и соседнего Азербайджана. В центральных областях России она единична и, вероятно, принадлежит потомкам тех, кто уехал из родных сел в советское время. В отличие от многих русских фамилий, которые за столетия потеряли связь с исходной точкой, Илистанов до сих пор прямо указывает на конкретное место на карте — это не прозвище, а прописка предков.

Морфологически фамилия проста: корень Илистан- и суффикс -ов. Ударение, судя по произносительной норме в Дагестане, падает на последний слог — Илистано́в. Родственные фамилии — Илистанбеков, Илистанович (крайне редкая, почти исчезнувшая форма отчества), а также топонимические фамилии соседних аулов, например, Ашагастальский или Яруква. В официальных документах XIX века могла писаться через букву «ѣ» (Илистановъ), но в советских записях окончательно закрепилась современная форма.