Фамилия Илистинова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ов- и окончание -а, оставив основу «Илистин». Эта основа, скорее всего, восходит к женскому имени Илистина, которое в свою очередь является просторечной или диалектной формой крестильного имени Иустина (от латинского justus — «справедливый»). В русской народной среде именование «Илистина» возникало из-за акающего произношения: Иустина превращалось в Истина, а затем, под влиянием других имён (например, Илья), — в Илистина.

Таким образом, фамилия Илистинова — типичная «матронимическая» фамилия, то есть образованная не от имени отца, а от имени матери. В крестьянской среде такие случаи были нечасты, но встречались: если женщина играла ключевую роль в хозяйстве, была вдовой или её имя было особенно почитаемо в семье, дети могли получить фамилию по ней. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Илистинов, то есть сын (или потомок) Илистины.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с топонимом. В некоторых регионах России могли существовать деревни или урочища с названием Илистино (или Илистинка), происходящим от того же личного имени. Тогда фамилия указывала бы на выходца из этого места. Однако документальных подтверждений такому географическому названию в открытых источниках нет.

Фамилия Илистинова — штучная, нераспространённая. Её носители, скорее всего, происходят из центральной или южной России, где аканье было нормой, а имя Иустина в народном переосмыслении звучало как Илистина. Социальный контекст — крестьянский или мещанский, без дворянских корней, так как в родословных книгах знати эта фамилия не фиксируется.