Фамилия Илькуненко — яркий пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели, но с необычным суффиксом, который сразу выдает её восточнославянское происхождение. В основе лежит имя Илько — это народная, уменьшительная форма от канонического имени Илья (древнееврейское «Элияху» — «мой Бог — Яхве»). Суффикс -енко, типичный для центральных и левобережных областей Украины, означает «сын» или «потомок». Таким образом, Илькуненко буквально — «сын Илька», а точнее, «сын человека по имени Илько».

Однако здесь есть тонкость. В украинской ономастике суффикс -енко обычно присоединяется к основе имени напрямую: Илько → Ильченко. Форма Илькуненко встречается реже и предполагает промежуточную ступень. Скорее всего, фамилия образована не от самого имени, а от прозвища Илькун или Илькуня. Такое прозвище могло означать «человек, который постоянно поминает Илью» или «тот, кто ходит в Ильин день». В украинских говорах суффикс -ун нередко придаёт слову оттенок деятеля или носителя признака (как «говорун», «бегун»). Поэтому Илькун — это не просто «маленький Илья», а человек, связанный с этим именем по поведению или внешности. Фамилия Илькуненко тогда означает «сын того Илькуна».

Географически фамилия тяготеет к центральной Украине — Черкасской, Киевской, Полтавской областям, где суффикс -енко исторически доминировал. В документах XIX века Илькуненко встречается среди казацких и крестьянских родов, приписанных к сельским общинам. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто закрепляли за крепостными помещики, украинские фамилии на -енко несли информацию о родстве и часто передавались без изменений уже в XVI–XVII веках.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает увидеть региональные различия. Если в России потомок Ильи стал бы Ильиным, в Беларуси — Илькевичем, то в Польше — Илькевичем или Ильковским. Илькуненко — исключительно украинский вариант, причём с редким суффиксом -ун в основе, что делает фамилию не такой массовой, как, скажем, Ильченко или Ильющенко. Встречаются также формы Илькун, Илькуненя — они подтверждают, что прозвище Илькун было реальным и самостоятельным.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована однозначно, но по модели образования и географии можно предполагать, что предки Илькуненко были либо казаками, либо свободными крестьянами. Дворянские фамилии на -енко в этой части Украины почти не встречались — их обладатели обычно оставались в податных сословиях.