Фамилия Илькунов — одна из тех, что хранят в себе уменьшительно-ласкательное имя, вышедшее из обихода. В её основе лежит форма Илькун, которая, в свою очередь, образована от крестильного имени Илья. Илья — русская версия древнееврейского имени Элиягу, означающего «мой Бог — Яхве». Суффикс -ун в данном случае — не столько прозвищный (как в фамилиях Говорун, Болтун), сколько уменьшительный, почти домашний. Илькун — это тот же Илья, но в ласковом, семейном обращении.

Модель «основа на -ун + суффикс -ов» встречается реже, чем стандартная «Ильин» или «Ильюшин». Именно этот суффикс выдает фамилию как более позднюю по происхождению или как региональную. В русском ономастиконе такие формы чаще фиксировались на северо-западе и в центральных губерниях, где любили «усекать» имена с помощью суффикса -ун, делая их более простыми и бытовыми (ср. Иванун, Петрун). Поэтому Илькуновы, скорее всего, потомки не самого Ильи, а человека, которого в деревне звали Илькуном — для своих, по-свойски.

Фамилия не получила широкого дворянского распространения, её носители — в основном крестьяне и мещане. В переписных книгах XVII–XVIII веков форма «Илькун» могла записываться и как самостоятельное некалендарное имя, и как прозвище, но с принятием массовых фамилий в XIX веке она закрепилась именно в патронимическом варианте. Любопытно, что в украинской и белорусской традициях встречается параллельная фамилия Ількун (без суффикса -ов), что подтверждает: корень общеславянский, а вот «обрусение» произошло через добавление типового фамильного окончания.

Итак, этимология простая: Илькун — уменьшительное от Илья, а Илькунов — «чей?» — сын Илькуна. Никаких редких тюркских или финно-угорских следов, только чисто славянская словообразовательная игра с именем пророка Илии.