Фамилия Ишкунов построена по простой и ясной модели: к основе Ишкун добавили русский патронимический суффикс -ов, который отвечал на вопрос «чей?» и означал сына или потомка человека по имени Ишкун. Вопрос в том, что значило само это имя, и здесь есть две основные версии, обе восточного происхождения.

Первая, более прямая, отсылает к ассирийскому слову «ишкун» — «грозный». Это редкий для русских фамилий корень, и если версия верна, он указывает на характер или пожелание, которое вкладывали в имя предки. Вторая версия считает Ишкун уменьшительной формой тюркско-татарского имени Ишкай, которое переводится как «ровня, друг, товарищ». В культурах, где мужская дружба ценилась очень высоко, такое имя было не просто прозвищем, а программой: родители надеялись, что сын вырастет верным и преданным человеком.

С точки зрения словообразования, суффикс -ов здесь стандартный и не несёт дополнительной информации о сословии — такую фамилию мог получить и крестьянин, и служилый человек татарского или башкирского происхождения. Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону. В Книге Памяти, например, зафиксирован Ишкунов Север Имбулыдович, родившийся в башкирской деревне Юман и погибший в 1940 году. Эта запись — одно из немногих документальных свидетельств бытования фамилии, и она подтверждает её связь с тюркскими и финно-угорскими народами региона.

Какую из двух версий считать основной, решить трудно. Ассирийский след возможен, но менее типичен для русских фамилий, тогда как тюркская основа «Ишкай» встречается чаще и логичнее объясняет уменьшительный суффикс -ун. Вероятнее всего, Ишкунов — это фамилия, корни которой лежат в среде, где тюркские имена свободно адаптировались к русской фамильной системе.