Фамилия Ишкунов образована от имени Ишкун. По одной из версий, оно восходит к ассирийскому слову «ишкун» - «грозный». Однако не исключено, что Ишкун — это уменьшительная форма тюркско-татарского имени Ишкай («ровня, друг, товарищ»). Так как в восточных странах мужская дружба считается одной из самых главных ценностей, родители, нарекая таким именем своего ребенка, надеялись, что в будущем их отпрыск сможет показать себя настоящим мужчиной и преданным другом. Так, в Книге Памяти записан Ишкунов Север Имбулыдович, который родился в башкирской деревне Юман и погиб в 1940 году.