Фамилия Ишкулов — типичный пример тюркского наследия в русских фамилиях. Её основа — составное мужское имя Ишкул, которое склеивает два корня: «иш» и «кул».

Корень «иш» в тюркских языках многозначен: это и «товарищ, помощник», и «ровня», и «семья, род». Вторая часть — «кул» — ещё более насыщена смыслами. В древнетюркском «кул» означало не только «раб» или «слуга», но и «раб Аллаха» (как смиренное именование верующего), а также «воин», «хлебопашец», «спутник». В составе имени Ишкул сочетание, скорее всего, передавало значение «товарищ (или помощник) Кула» либо «равный Кулу» — где Кул выступает как самостоятельное имя.

Модель образования фамилии проста: к тюркскому имени Ишкул добавили русский патронимический суффикс -ов. Так в XVI–XIX веках оформляли фамилии у крещёных татар, башкир и других народов, входивших в состав Российского государства. Суффикс указывает на принадлежность: Ишкулов буквально значит «сын Ишкула».

Есть и альтернативная, более редкая версия — связь с топонимом Ишкуль. Так называется озеро в Аргаяшском районе Челябинской области (сейчас это территория Башкортостана). Если предок жил на берегу этого озера, фамилию могли дать по месту жительства. Но для фамилий на -ов такая географическая модель встречается реже, чем отчество от личного имени, поэтому версия с именем Ишкул выглядит убедительнее.

Фамилия Ишкулов распространена в основном среди башкир и татар, особенно в Челябинской области и Башкортостане. Встречается также у казахов, но в форме Ишкулов или Ишкул. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, хотя само имя Ишкул бытовало в тюркской среде намного раньше.