Фамилия Ишкулов образована от мужского тюркского имени Ишкул. Первая из них восходит к тюркскому «иш» - «четный, парный; товарищ, друг, помощник; ровня, равноценный, подобный; народ, семья, род». Вторая часть ведет свое начало от имени Кул. В древнетюркском языке слово «кул», помимо значений «раб, слуга», имело также значения «раб Аллаха, товарищ, спутник, хлебопашец, воин, работник, помощник, представитель» и др. Согласно другой гипотезе, фамилия Ишкулов происходит от топонима Ишкуль — озеро в Аргаяшском районе Челябинской области. Не исключено, что предок родился или долгое время жил на одном из берегов этого озера.