Фамилия Ишкулова — женская форма от мужской Ишкулов, и её разбор стоит начать с корня, который не сразу угадывается. Основа «Ишкул» восходит к тюркскому имени или прозвищу, где «иш» в ряде тюркских языков значит «дело, работа, занятие», а «кул» — «раб, слуга» или в переносном смысле «преданный человек». Сложение «иш» и «кул» даёт значение «работник, служитель» или, если воспринимать имя как составное, «раб дела» — то есть человек, посвятивший себя труду. В ономастике тюркских народов такие двухчастные имена с «кул» часты: они не несли унизительного смысла, а подчёркивали преданность или принадлежность к общему делу.

Суффикс «-ов» в фамилии Ишкулов указывает на русскую модель образования от тюркской основы. В XVI–XIX веках, когда тюркские народы Поволжья и Урала входили в состав Российского государства, их имена и прозвища адаптировались через русские фамильные суффиксы. Ишкулов — типичный пример: башкирское, татарское или казахское личное имя Ишкул обросло русским окончанием, и фамилия закрепилась за потомками. Географически фамилия чаще встречается среди башкир и татар, особенно в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически смешивались тюркские и славянские традиции именования.

Менее вероятна, но возможна версия, что корень «ишк» связан с тюркским «ишк» — «любовь, страсть» (ср. узбекское «ишк»). Тогда Ишкул могло значить «любящий слуга» или «раб любви» — метафорическое прозвище для влюблённого или поэтичного человека. Однако эта гипотеза слабее: в башкирском и татарском языках форма «ишк» в значении «любовь» почти не фиксируется в антропонимии, а «иш» как «дело» — гораздо распространённее. Поэтому первая версия правдоподобнее.

Фамилия не относится к древним русским дворянским родам — её носители, скорее всего, выходцы из крестьян, казаков или служилых людей тюркского происхождения. В документах XVIII–XIX веков Ишкуловы могли быть записаны как тептяри или башкиры-вотчинники. Интересная деталь: написание фамилии могло варьироваться — встречаются варианты Ишкулов и Ишкуллаев, но второй редок и связан с арабской формой имени «Ишкулла» (с удвоенной «л»). Современные Ишкуловы — это люди, чьи предки носили имя Ишкул, и фамилия сохранила память о труде или преданности, заложенной в имени.