Фамилия Ишкуловы, как и многие русские фамилии с тюркскими корнями, чаще всего отталкивается от личного имени. Её основа — мужское имя Ишкул, которое составное. Первая часть «иш» в тюркских языках означала «товарищ, друг, помощник», а также «ровня» или «семья». Вторая часть — «кул», слово с широким спектром значений: от «раба» и «слуги» до «воина», «работника» и даже «раба Аллаха» (в религиозном контексте). Соединяясь, имя Ишкул могло нести смысл «товарищ-слуга» или «друг-помощник», что для прозвищного имени того времени вполне обычно.

Исторически такие имена были распространены в среде выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев, и фамилия Ишкулов фиксирует это восточное происхождение. В XV–XVII веках многие служилые люди нерусского происхождения вливались в состав российского дворянства, и их имена адаптировались через русский суффикс принадлежности -ов. Так Ишкул превратился в Ишкулова — буквально «сын (или потомок) Ишкула».

Существует и менее вероятная, но не лишённая оснований версия, связывающая фамилию с географическим названием. В Челябинской области, в Аргаяшском районе, есть озеро Ишкуль. Если предок носителя фамилии родился или долгое время жил на его берегу, его могли прозвать по месту жительства — Ишкульским или, в упрощённой форме, Ишкуловым. Однако для фамилий на -ов топонимическая версия обычно уступает антропонимической: суффикс -ов чаще крепится к личному имени, а не к названию озера.

Ишкуловы — пример фамилии, в которой тюркская основа надёжно прижилась в русской модели словообразования. Она не редкая, но и не массовая, и её носители, скорее всего, ведут род от татарских, башкирских или казахских предков, принявших православие или обрусевших в процессе службы.