Фамилия Ишкулатов образована от тюркского составного имени Ишкулат. Первая часть — «иш» — по-татарски и по-башкирски значит «работа, дело, занятие», а в именах часто приобретает оттенок «трудящийся, усердный». Вторая часть — «кулат» — вариант имени Кулат, которое восходит к арабскому «кувват» (сила, мощь). Таким образом, Ишкулат — это «сила труда» или «усердный силач», имя с пожеланием, чтобы человек был крепок в делах.

Фамилия построена по русской модели: к основе Ишкулат прибавлен фамильный суффикс -ов, типичный для фамилий, возникших у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья. Изначально это была форма притяжательного прилагательного: «чей сын?» — Ишкулатов, то есть сын Ишкулата.

Большинство носителей фамилии Ишкулатов живут в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и в Татарстане, но реже. Это указывает на то, что корни фамилии — в среде башкир, у которых имя Ишкулат было довольно распространённым. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия фиксируется с XVIII века, что говорит о её давней укоренённости.

Интересная деталь: в некоторых говорах ударение в фамилии падает на последний слог — Ишкулато́в, хотя литературная норма допускает и ударение на второй слог: Ишкула́тов. Это не ошибка, а отражение местной произносительной традиции, где фамилии на -ов часто «тянут» на конец слова.