Фамилия Ишкуватов происходит от тюркско-татарского имени Ишкуат, а точнее — от его диалектной формы Ишкуват. Имя это составное и переводится как «увеличивающий численность и мощь рода». Первая часть «иш» означает «дело, работа», но в именах чаще выступает в значении «спутник, товарищ» или «родня». Вторая часть «куат» — это «сила, мощь». Вместе они складывались в пожелание: пусть ребёнок умножает силу и число сородичей. Такие имена с пожеланиями процветания роду были распространены у тюркских народов, особенно у башкир и татар.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к основе Ишкуват. Суффикс указывает на принадлежность: Ишкуватов — сын Ишкувата. Это патронимическая фамилия, то есть в основе лежит личное имя отца. Такая модель в XVI–XIX веках стала основной для многих нерусских народов Поволжья и Приуралья, когда их начали массово записывать в ревизские сказки и метрические книги.

Географически фамилия Ишкуватов чаще всего встречается среди башкир, особенно в юго-восточных районах Башкортостана, а также у татар в Челябинской и Оренбургской областях. Встречаются варианты написания Ишкуватов и Ишкуватов — оба возможны из-за нестабильности гласных в устной речи. В дореволюционных документах можно найти и форму Ишкуватовъ.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: тюркское имя + русский суффикс. Никаких редких суффиксов или сложных переходов — фамилия типична для региона, но само имя-основа довольно редкое. В отличие от распространённых Ишмухаметовых или Ишбулатовых, Ишкуватов встречается реже, что может говорить о локальном бытовании исходного имени в нескольких конкретных башкирских родах.

Социальный контекст: носители фамилии в XIX веке были преимущественно государственными или тептярскими крестьянами, реже — казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советское время фамилия не менялась, а в переписях фиксируется в основном в Башкортостане и соседних областях.