Фамилия Ишкуватов происходит от тюркско-татарского имени Ишкуат, диалектная форма которого — Ишкуват. В переводе на русский язык это имя означает «увеличивающий численность и мощь рода». Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда носители тюркских языков — выходцы из Золотой Орды, печенеги или половцы — активно вливались в состав русского дворянства. Многие нерусские по происхождению дворяне получали фамилии, образованные от восточных имён, и Ишкуватовы — один из таких примеров.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Ишкуват добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Ишкувата»). Такая модель была распространена при адаптации иноязычных имён в русской среде. Сведений о сословной принадлежности первых Ишкуватовых нет, но восточное происхождение имени и исторический контекст позволяют предположить, что предки носителя фамилии могли быть служилыми людьми или мелкими помещиками, чей род восходит к выходцам из тюркской знати.

Несмотря на то, что точность родословных записей о восточном происхождении фамилии можно считать достаточно высокой, фамилия Ишкуватов остаётся редкой. Она не имеет массового распространения, что делает её особенно интересной для этимологов: это не просто семейное прозвище, а памятник восточной письменности и культуры, закрепившийся в русской ономастике.