Фамилия Иллус — редкая и неочевидная для русского уха, её происхождение вызывает споры даже у специалистов. Вместо привычной модели «отчество + суффикс» здесь мы видим компактную основу, которая могла прийти в русский обиход из нескольких языков.

Самая вероятная версия связывает фамилию с венгерским глаголом illeni — «подходить, годиться, идти». В Венгрии и соседних регионах (например, в Закарпатье) фамилия Иллус встречается до сих пор, и её могли получить либо по прозвищу («подходящий», «ладный» человек), либо как указание на род занятий или место жительства. Венгерский суффикс -us/-üs часто образует фамилии от глаголов, поэтому модель «основа + -us» здесь естественна.

Другие гипотезы менее убедительны, но имеют право на существование. Латинское illo («туда») — слишком абстрактная основа для фамилии; такие слова редко становились прозвищами. Литовское il («долго») тоже выглядит натяжкой: в литовской антропонимии корень il- обычно даёт фамилии вроде Ильгаускас, а не Иллус. Ещё одна версия — происхождение от европейских форм имён Илья или Илларион: венгерское Иллеш (Illés), польское Ильюш, чешское Илиаш. В этом случае фамилия Иллус могла возникнуть как усечённый или диалектный вариант, но прямой связи с каноническими формами нет — скорее, это независимое образование.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что указывает на иноязычное происхождение носителя или на позднюю фиксацию в документах. В XIX — начале XX века такие фамилии могли получить выходцы из Австро-Венгрии, переселившиеся в Российскую империю, или остзейские немцы, использовавшие латинизированные формы.

Наиболее правдоподобная версия — венгерская, с глаголом illeni. Она объясняет и форму, и географию, и логику прозвища. Остальные гипотезы стоит рассматривать как дополнительные, но менее обоснованные.