Фамилия Иллюша — редкий пример того, как имя, пройдя через века и языки, превратилось в фамилию, сохранившую библейский смысл. Её основа — личное имя Илья, которое восходит к древнееврейскому Элияху. В переводе оно означает «мой Бог — Господь» или «мой Бог — Бог истинный». Так что носитель фамилии Иллюша — потомок человека, которого назвали в честь ветхозаветного пророка Илии.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: суффикс -уш- (в форме Иллюша) обычно уменьшительно-ласкательный, но в фамилиях он встречается редко. Чаще всего так образовывали прозвища или неофициальные семейные именования на русском Севере и в некоторых регионах Поволжья. То есть Иллюша — это не «сын Ильи» в классическом патронимическом смысле (как Ильин или Ильичев), а, скорее, прямое прозвище человека, которого в быту звали Иллюшей. Позже это прозвище закрепилось за его детьми и внуками как фамилия.

В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, Иллюша относится к так называемым «окаменевшим» формам — тем, что не меняли окончание при передаче по наследству. Подобные фамилии (Митроша, Кирюша, Алёша) фиксируются в основном в среде крестьян и мещан, где официальная фамилия могла долго оставаться нестандартной. Ономаст Б. Унбегаун в своих работах отмечал, что такие модели особенно характерны для северорусских говоров и для фамилий, возникших из уличных прозвищ.

Географически фамилия Иллюша сегодня почти не встречается в центральных областях России. Единичные носители есть в Архангельской области, в бывших новгородских землях и среди старообрядцев, переселившихся в Сибирь. Это подтверждает версию о северном происхождении: именно там дольше сохранялся архаичный способ образования фамилий без патронимического суффикса.

Таким образом, фамилия Иллюша несёт двойной смысл: с одной стороны, она прямо отсылает к библейской истории и вере предков в единого Бога, с другой — хранит память о том, как на русском Севере в XIX веке могли называть целый род по прозвищу одного человека.