Фамилия Имамходжаев — одна из тех, где в одной основе соединились два арабских слова, каждое с собственным весом в исламской культуре. Разобрать её стоит не с корня, а с модели сложения: первая часть — «имам», вторая — «ходжа». Имам в переводе с арабского означает «предстоящий», «стоящий впереди» — в исламе так называют руководителя молитвы, духовного главу общины. Слово «ходжа» (или «ходжа») — персидское, означает «господин», «хозяин», «наставник»; в Средней Азии «ходжами» называли потомков пророка Мухаммеда от его дочери Фатимы и халифа Али, а также просто уважаемых, образованных людей. Сложение двух таких титулов в одно имя — не редкость для тюркоязычных и ираноязычных народов: Имамходжа — это составное личное имя, которое буквально можно понять как «господин-имам» или «наставник, имеющий статус имама».

Фамилия Имамходжаев образована от этого имени по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный (в данном случае — на «а»). Суффикс -ев, как и -ов, указывает на принадлежность: Имамходжаев — «сын Имамходжи». Появление таких фамилий у народов Средней Азии и Кавказа связано с периодом Российской империи, когда для учёта населения вводились русские окончания. Поэтому географически фамилия Имамходжаев почти наверняка указывает на Узбекистан, Таджикистан или южный Казахстан — регионы, где распространены имена-композиты с «ходжа» и где исламское духовенство играло заметную роль.

Если искать аналоги, можно вспомнить фамилии Имамов, Ходжаев, Исмаилходжаев — все они построены по той же логике, но Имамходжаев отличается тем, что в основе не просто титул, а именно составное имя, которое могло принадлежать человеку, реально занимавшему пост имама и одновременно происходившему из рода ходжей. Впрочем, не стоит думать, что каждый носитель фамилии — прямой потомок духовного лица: в крестьянской или ремесленной среде такое имя могли дать в честь уважаемого соседа или по религиозной традиции, без буквального наследования должности.

Словообразовательная модель здесь прозрачна, и споров среди этимологов не вызывает. Единственный нюанс — написание: в некоторых источниках встречается вариант Имамходжаев, но он ошибочен, так как вторая часть «ходжа» пишется через «о» (от персидского خواجه). Фамилия не самая массовая, но и не редкая: в современных базах данных она фиксируется в Узбекистане, Таджикистане, а также среди диаспор в России.