Фамилия Имеков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа плюс суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность — буквально «чей?» — «сын Имека». Значит, в основе лежит некалендарное личное имя или прозвище Имек.

Имя Имек — это, скорее всего, тюркское или монгольское по происхождению слово. В тюркских языках «имек» (или «эмек») означает «труд», «работа», а в некоторых диалектах — «лекарство» или «целебное средство». В монгольском «эм» — «лекарство», «эмч» — «врач». Поэтому прозвище Имек могли дать либо трудолюбивому человеку, либо знахарю, лекарю. Второе значение кажется более вероятным для прозвища: оно конкретнее и заметнее в быту.

Фамилия Имеков характерна для народов Поволжья и Урала, особенно для татар и башкир. Дело в том, что в русской среде фамилии на -ов от тюркских основ — явление обычное, но именно форма Имеков (а не, скажем, Имеков-оглы) говорит о том, что её носители жили в зоне активного русского культурного и административного влияния, где фамилии оформляли по русскому образцу. Встречается фамилия и у русских, но в таком случае предок, вероятно, был крещёным татарином или башкиром.

Можно сравнить Имекова с однокоренными фамилиями: Имеев (от имени Имей), Имешев (от Имеш). Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, которые в тюркских языках могли менять оттенок имени. Имеков — одна из самых простых и прямых форм, без лишних наращений.

В официальных документах фамилия фиксируется с XIX века, в основном в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях. Носители её в те времена были в основном государственными крестьянами или казаками — людьми, чьи предки получили фамилию при переписях и ревизиях. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено.