Фамилия Имомербекова — редкий случай, когда структура слова почти прозрачна, а вот смысл корня требует осторожности. Основа здесь тюркская, и фамилия образована по той же модели, что и сотни других: личное имя или прозвище плюс компонент «бек» (вождь, господин, князь) и русский патронимический суффикс -ов, адаптированный в женской форме -а. Мужской вариант, соответственно, Имомербеков.

Первая часть, «Имомер», — самая загадочная. Скорее всего, это диалектное или искажённое имя. В тюркских языках (особенно в карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском) встречаются имена с корнем «имам» (религиозный предводитель) или «омер» (жизнь, от арабского عمر). Не исключено, что «Имомер» — стяжение двух имён: Имам и Омер, либо местный вариант имени Имран. Менее вероятна версия, что это прозвище от глагола со значением «делать, творить» (например, в казахском «імеру» — мять, месить), но она не подтверждается антропонимическими справочниками.

Суффикс -бек указывает на знатное происхождение или уважение — так называли сыновей бека либо давали имя с пожеланием стать господином. В сочетании с русским суффиксом -ов фамилия прошла обрусение, характерное для народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии в XIX–XX веках. Носители фамилии Имомербекова, вероятно, живут в Дагестане, Чечне или среди кумыков — именно в этих регионах сложные имена на -бек особенно часты.

Географически фамилия нераспространённая, что делает её ценной для локальной ономастики. В отличие от массовых фамилий вроде Алиевых или Магомедовых, Имомербекова сохраняет редкую основу, которая может быть ключом к истории конкретного рода. Если предки были связаны с духовенством или военной знатью, то имя Имомер могло быть родовым прозвищем, а не личным — такое встречается в горских обществах, где вторым именем закрепляли заслуги деда.