Фамилия Имомжонов — относительно поздняя по меркам русской ономастики, и её разбор сразу уводит в тюрко-персидский мир Средней Азии. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, которые образованы от прозвищ или крестильных имён, здесь основа — составное мусульманское имя, а суффикс — не столько русский, сколько адаптированный под паспортную систему СССР.

Разложим её на части. Корень «Имом» — это арабское «имам», то есть духовный предводитель, глава мусульманской общины. В дореволюционном Туркестане имамом называли не только того, кто ведёт намаз, но и уважаемого учителя, судью или просто старшего в махалле. Вторая часть «жон» — персидское «джан» (душа, жизнь). В тюркских языках этот компонент стал ласковым обращением или частью имени: «дорогой, как душа». Третья часть — русский суффикс -ов, который добавили при советской паспортизации, чтобы вписать фамилию в стандартную для Средней Азии модель (как, например, у фамилий Каримов, Ахмедов).

Таким образом, Имомжон — это личное имя, которое можно перевести как «дорогой имам» или «имам-душа». От него уже образована фамилия Имомжонов — «потомок Имомжона». В Узбекистане, Таджикистане и южных регионах Кыргызстана такие имена с компонентом «джан» были очень популярны в первой половине XX века, поэтому носители фамилии, скорее всего, родом оттуда.

Сословного происхождения у этой фамилии нет: в Российской империи крестьяне и горожане Туркестана фамилий не имели. Имомжоновы — это потомки людей, получивших фамилию по имени отца или деда уже в советское время. Стоит отметить, что в документах встречаются варианты написания: Имамжонов (через «а» в первом слоге) или Имомжанов, что связано с разной передачей узбекского произношения на русском. Но форма «Имомжонов» — самая точная, если исходное имя произносили именно как «Имомжон».