Фамилия Инамоходжаева — одна из тех, что сразу выдают среднеазиатское, а точнее, узбекское или таджикское происхождение. Она образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединили к восточному имени или прозвищу. Основа здесь — мужское имя Инамоходжа, где первая часть «Инам» восходит к арабскому слову «и'нам» — «милость, дар, благодеяние», а вторая — «ходжа» (хожа) — почётный титул, означающий «господин, хозяин, наставник» или потомка пророка Мухаммеда. Таким образом, имя Инамоходжа можно перевести как «благодатный господин» или «дарованный наставник». В русской среде такие фамилии давали детям при записи в метрические книги или советские паспорта, добавляя окончание -ев/-ов к отцовскому имени: «чей сын?» — Инамоходжаев, а для женщины — Инамоходжаева.

Географически фамилия чаще всего встречается в Узбекистане, особенно в Ташкенте, Самарканде и Ферганской долине, а также среди выходцев из этих регионов в России и Казахстане. В дореволюционное время носители такой фамилии, скорее всего, принадлежали к духовному сословию или купечеству, так как титул «ходжа» указывал на уважаемый род, связанный с исламским образованием или торговлей. Однако в советский период фамилия стала массовой и утратила сословную привязку — её могли получить и потомки ремесленников, и крестьяне.

Особенность этой фамилии — редкое сочетание арабского корня «и'нам» с тюркским титулом «ходжа». В ономастике похожие модели встречаются в фамилиях Инамов, Инамутдинов или Ходжаев, но двойная основа — Инамоходжа — встречается реже. Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Инамоходжаева стоит особняком: она не просто указывает на профессию или место жительства, а прямо называет предка человеком, которого воспринимали как милостивого и уважаемого наставника. Споров о происхождении здесь почти нет — прозрачная арабско-тюркская этимология и русский суффикс дают однозначный ответ.