Фамилия Инаятова — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует внимания к корню. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она образована с помощью суффикса -ов, но основа у неё не славянская, а тюркская или арабо-персидская. Исходное слово — «инайат» (варианты: «инаят», «инайат»), которое в тюркских языках, заимствованное из арабского, означает «благосклонность», «милость», «забота». В мусульманской культуре это имя или прозвище, данное в надежде на божественную милость.

Словообразовательная модель проста: к основе Инаят (личное мужское имя) добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем к мужской форме Инаятов — типичное женское окончание -а. Фамилия Инаятова, таким образом, изначально указывала на принадлежность женщине из рода Инаятовых: дочери или жене человека по имени Инаят. Мужской вариант — Инаятов.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где сильно тюркское и исламское влияние: Поволжье (Татарстан, Башкортостан), Средняя Азия (Узбекистан, Таджикистан), а также к некоторым районам Кавказа. В русских метрических книгах XIX века она встречается редко, что говорит о её более позднем закреплении в русской фамильной системе — скорее всего, в советское время, когда активно шёл процесс русификации фамилий нерусских народов.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа восходит к диалектному тюркскому «инай» (младший брат матери, дядя по материнской линии). Тогда Инаятов — буквально «сын дяди по матери». Но эта гипотеза слабая, так как суффикс -ат в таком случае не объясняется, и подавляющее большинство носителей фамилии связывают её именно с арабским корнем «милость».

Социальный контекст: предки современных Инаятовых были, скорее всего, крестьянами или мелкими торговцами из тюркоязычной среды. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советских архивах фамилия встречается у людей, записанных как «татары», «башкиры», «узбеки», что подтверждает её региональную и этническую привязку.