Фамилия Инченкова — женская форма фамилии Инченков, а та образована от имени или прозвища Инченко. Разбирать её стоит с необычного суффикса: в русских фамилиях редок суффикс -енко, типичный для украинской ономастики. В основе лежит имя Инка — уменьшительная форма от канонических имён Иннокентий (от лат. innocens — «невинный») или Инна (древнеримское родовое имя, в христианстве — имя мученика). Суффикс -енко в украинской традиции означал «сын» или «потомок», то есть Инченко — буквально «сын Инки». Фамилия Инченков возникает, когда украинскую модель русифицируют добавлением типичного русского суффикса -ов, что часто делали при переписях на южнорусских территориях или при переселении носителей фамилии в великорусские губернии.

Если отталкиваться от прозвищного происхождения, Инка могло быть не только сокращением от крестильного имени. В говорах слово «инка» могло означать что-то иное: в некоторых диалектах «иня» — это «иная, другая», но такая версия маловероятна из-за отсутствия устойчивой прозвищной традиции.

Географически фамилия Инченков (и Инченкова) встречается в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях — зоне исторического взаимодействия русских и украинских говоров. Встречается она и на Дону, куда в XVII—XVIII веках переселялись малороссы. Сословно предки носителей фамилии чаще всего были государственными или помещичьими крестьянами, реже — однодворцами.

От других фамилий на -енко (например, Инютин, Иншаков) Инченкова отличается тем, что её основа — не топоним и не ремесло, а чисто личное имя. Это типичная «патронимическая» фамилия: предка звали Инка, а его дети стали Инченками, а затем — Инченковыми.