Фамилия Индерфакер звучит настолько не по-русски, что сразу понятно: её корни лежат далеко за пределами славянского мира. Это редкий для России случай, когда фамилия, скорее всего, является искусственной или топонимической, образованной от немецкого географического названия. Разберем её по частям.

Первая часть, «Индер», почти наверняка восходит к немецкому предлогу и артиклю «in der» (в, внутри). В немецкой топонимике это типичный элемент сложных названий, например, Индерзее (In der See — «в море») или Индервиль (In der Wil). Вторая часть, «факер», — самый спорный и интересный элемент. Самая правдоподобная версия: это искаженное «Fach» (отсек, отделение, специальность, а также «полка») или «Facher» (тот, кто делает отделения, шкафы). В таком случае «Индерфакер» могло означать «тот, кто живет в [доме с] перегородками/отсеками» или быть прозвищем столяра-краснодеревщика, мастера по шкафам.

Менее вероятная, но не исключенная гипотеза — связь с австрийским топонимом Факерзее (Faaker See) и городком Фак (Faak). Тогда «Индерфакер» — это «живущий у Факер-озера» или выходец из той местности. Однако такая форма («внутри Фака») звучит неестественно для немецкой топонимики: обычно говорят «фон Фак» или «цум Фак». Версия с ремеслом (столяр) выглядит логичнее.

В России фамилия могла появиться в эпоху массового переселения немецких колонистов в Поволжье и Причерноморье при Екатерине II (конец XVIII века). Скорее всего, её носитель был мастеровым человеком, а не крестьянином. За столетия жизни в иноязычной среде первоначальная форма «Ин дер Фахер» (In der Facher) слилась в одно слово и обрусела в написании, утратив пробелы. Суффикса -ов/-ев или -ин в фамилии нет, что подтверждает её нерусское, искусственное происхождение — она застыла в виде, близком к исходному немецкому обороту.