Фамилия Индигаров — редкая и с точки зрения происхождения неоднозначная. Её основа — «Индигар» — не встречается ни в старых русских именах, ни в распространённых прозвищах. Скорее всего, перед нами не славянская, а тюркская или монгольская фамилия, адаптированная русским суффиксом -ов.

Самый вероятный путь: фамилия восходит к слову «индигар» (варианты — эндигар, индигер) в тюркских языках. В некоторых диалектах это означало «погонщик верблюдов» или «человек, занятый перевозкой грузов». Корень «ин-» (или «эн-») мог указывать на домашнее животное (ср. казахское «ин» — нора, стойло), а «гар» — на действие (делающий). Таким образом, Индигар — прозвище человека, чья работа была связана с караванной торговлей или содержанием скота. В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается в регионах Поволжья и Южного Урала, где исторически было сильно тюркское влияние.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза — связь с индийским (от «Индия»). В старину «индигарами» могли называть купцов, торговавших с Востоком, или выходцев из тех краёв. Но если бы основа была географической, фамилия чаще писалась бы как Индийцев или Индин. Форма «Индигаров» скорее указывает на конкретное занятие, а не на этноним.

Суффикс -ов говорит о том, что фамилия оформилась в русской среде не позднее XVIII века. Носителей Индигаровых, судя по открытым данным, крайне мало — это штучная фамилия, не размноженная по целым сёлам. Социально предки, скорее всего, были не дворянами, а крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище за ремесло. Правописание с буквой «а» во втором слоге (ИндигАр, а не ИндигОр) закрепилось, вероятно, под влиянием акающих говоров.

Таким образом, фамилия Индигаров — редкий пример того, как тюркское прозвище по профессии (погонщик, перевозчик) прижилось в русском именослове и сохранилось в единичных родах.