Фамилия Иноятходжаев — одна из тех, чья структура сразу выдает восточное, а точнее, узбекско-таджикское происхождение. Она сложена из двух компонентов: арабского имени Иноят (в переводе «милость», «благосклонность», «забота») и титула Ходжа, который восходит к персидскому слову «хваджа» — «господин», «хозяин», «наставник». В исламской традиции ходжами называли потомков пророка Мухаммада (в Средней Азии — через дочь Фатиму) или просто уважаемых духовных лиц, купцов и учителей.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к сложному личному имени Иноятходжа (Иноят + Ходжа) добавили русский патронимический суффикс -ев, который в Российской империи и СССР адаптировал фамилии для документов. Таким образом, Иноятходжаев буквально означает «сын Иноятходжи» или «потомок Иноятходжи». В самой Средней Азии фамилии в привычном нам понимании сложились поздно — в XIX–XX веках, часто через русификацию. До этого люди пользовались именем, отчеством (исм) и указанием на род или место.

Географически фамилия почти не встречается за пределами Узбекистана и Таджикистана, а также среди выходцев оттуда. Её носители, скорее всего, ведут род от религиозных деятелей, купцов или землевладельцев, носивших почётный титул «ходжа». Интересно, что в отличие от фамилий на -ов, которые в русском языке массово давались крестьянам и духовенству, здесь суффикс -ев присоединен к чужому имени — это типичная колониальная практика: местные элиты при получении паспорта записывались «по отцу» с русским окончанием.

Из-за редкости фамилии в открытых источниках почти нет сведений о её распространении в других странах. Можно предположить, что в самой Средней Азии она могла существовать и в форме Иноятходжаев, и в виде Иноятходжа (без суффикса), но последнее — скорее имя, чем фамилия. Споров о происхождении здесь не возникает: корни ясны, а альтернативные версии (например, связь с тюркским «иноят» в значении «дар») не выдерживают критики, так как слово арабское.