Фамилия Иноятова образована от таджикского мужского имени Иноят, которое, в свою очередь, восходит к арабскому имени Инаят. В переводе с арабского это слово означает «милость» или «благодать». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, благодарили Бога за то, что он подарил им долгожданного наследника.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая в среде народов Средней Азии: к мужскому имени присоединили русский патронимический суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на женский род. Таким образом, Иноятова — это дочь или жена человека по имени Иноят. Встречается и мужской вариант фамилии — Иноятов, без окончания.

Корень фамилии — арабский, но сама фамилия закрепилась в таджикской и узбекской среде, где имена с религиозным подтекстом были особенно популярны. Имя Инаят (или Иноят) нередко давали в семьях, где ребёнка ждали долго или он родился после трудных родов — как дар свыше.

Процесс формирования фамилий у таджиков и узбеков был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Иноятовых можно лишь на основании генеалогических исследований. Однако ясно, что фамилия эта не древнерусская и не дворянская, а восходит к традициям мусульманского Востока, где личное имя несло главную смысловую нагрузку, а фамилия пришла позже, вместе с русским делопроизводством конца XIX — начала XX века.