Фамилия Идоятова — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская или арабская, и при этом женская форма стала более употребительной, чем мужская. Мужской вариант — Идоятов. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать имя, лежащее в основе.

Скорее всего, в основе лежит имя Идоят. Оно восходит к арабскому «идаят» (هداية) — «руководство», «наставление», «правильный путь». В исламской традиции это одно из важных понятий, часто входит в состав сложных имён (например, Хидаятулла — «наставление от Аллаха»). В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) имя Идаят или Идоят встречается, хотя и не повсеместно. Фонетический переход «идаят» → «идоят» мог произойти под влиянием местных говоров или просто как вариант произношения.

Фамилия образована по классической русской модели: к основе Идоят- добавлен суффикс -ов (в женском роде -ова). Это значит, что предок носителя фамилии носил имя Идоят. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья, которые переходили в православие и получали фамилии по имени отца. Если же семья сохраняла мусульманское вероисповедание, фамилия могла оформиться позже, в XIX — начале XX века, при переписях или паспортизации.

Встречается фамилия Идоятова редко, географически тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не фиксируется, что косвенно указывает на позднее оформление или на то, что носители жили на окраинах империи.

Двойное ударение — возможная черта. В татарском языке ударение обычно падает на последний слог, поэтому в быту фамилию могли произносить Идоятовá. Но в русской канцелярской традиции ударение сместилось на третий слог — Идо́ятова. Оба варианта имеют право на существование, и единой нормы нет.

Таким образом, фамилия Идоятова — это отатроним (фамилия по отцу), образованный от редкого арабо-тюркского имени со значением «наставление», «верный путь». Носители, скорее всего, происходят из татарской или башкирской среды, принявшей русскую фамильную модель.