Фамилия Иоенко — редкий пример, где восточнославянский суффикс -енко («сын», «потомок») встречается с основой, уходящей корнями в еврейскую ономастику. Такое сочетание не случайно: фамилии с формантом -енко массово закреплялись на землях современной Украины и Беларуси, где веками жили ашкеназские евреи. Иоенко означает «сын Иои» или «потомок Иои».

Имя Иоя — сокращённая или производная форма от библейских имён. Его возводят к существительному «ио» — с иврита «благо». В Танахе Иоя — отец Дана, одного из потомков исполинов, который участвовал в погребении останков сыновей Саула. Однако Иоя могло быть и обиходной формой имени Иоанн («Божия благодать») или вариантом имени Иоиль («божественный»). Все три версии сходятся в одном: основа восходит к теофорному корню, связанному с Богом и благодатью.

В отличие от ашкеназских фамилий, где «сын» передавали суффиксами -сон, -зон или -кинд, а горские евреи Кавказа использовали грузинское -швили, носители фамилии Иоенко получили её через украинскую модель. Это типичный случай, когда библейское личное имя адаптировалось к местной словообразовательной системе. Фамилия могла возникнуть в черте оседлости, где украинские и еврейские традиции именования пересекались.

Встречается Иоенко и сегодня — преимущественно на востоке Украины и в южных областях России. Варианты написания единичны: иногда путают с фамилией Ионенко, но у той другая основа — от имени Иона.