Фамилия Ионышева — женская форма мужской фамилии Ионышев. В основе лежит крестильное имя Иона, древнееврейское по происхождению, означающее «голубь». В Библии Иона — ветхозаветный пророк, которого по преданию проглотил, а затем изверг кит. Имя было распространено на Руси, особенно в среде духовенства, и дало множество производных форм.

Фамилия образована с помощью редкого для русского ономастикона суффикса -ышев. Если стандартные патронимы на -ов/-ев или -ин указывают на прямого отца (Иванов — сын Ивана), то суффикс -ышев чаще встречается в северных и сибирских говорах и может означать не просто «сын», а «внук» или «потомок» человека по имени Иона. Встречаются также варианты с суффиксом -ишев (Ионишев), что указывает на ту же основу, но с другим диалектным оформлением. Таким образом, Ионышев — это не «сын Ионы», а скорее «внук или дальний потомок Ионы», что типично для фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей Русского Севера.

Географически фамилия Ионышев встречается преимущественно в Вятской, Пермской и Вологодской губерниях. В этих краях имя Иона в народной форме Ионыш было особенно популярно. Предки современных носителей фамилии могли быть как крестьянами, так и людьми духовного звания: в среде священников и дьячков имя Иона давали в честь пророка, а фамилия часто закреплялась за целым родом. В отличие от распространённых фамилий на -ов, Ионышев сохраняет редкую словообразовательную модель, что делает её ценной для генеалогического поиска: она сразу указывает на возможную региональную привязку и социальную среду.